Del exterior destaca su arquería mudéjar pero, lo que de verdad impresiona es su interior. Las paredes, bóvedas y techos están íntegramente cubiertos por pinturas murales. En total se conservan 26 frescos barrocos (finalizados hacia 1736) que relatan de forma secuencial las historias del primer libro de la Biblia, como la creación de Adán y Eva, El Pecado Original, La Expulsión del Paraíso o el Diluvio Universal. Cada imagen va acompañada por un breve texto explicativo, una especie de pie de foto bíblico.

A raíz de la restauración de estos frescos, se descubrió que podrían haber sido realizados hasta por seis pintores diferentes; se dice que el propio Francisco de Zurbarán podría haber sido uno de ellos ya que vivió mucho tiempo en Llerena, aunque no está oficialmente demostrado.

Los zócalos de la Ermita destacan por albergar las pinturas murales más antiguas del  templo, fechadas entre finales del siglo XV y el siglo XVI. Se aprecian motivos ornamentales y figuras geométricas únicas pintadas al fresco. Este tipo de decoración geométrica solo se encuentra en esta ermita y en el Palacio Episcopal de Llerena.

Bajo el Coro de la Ermita sorprende encontrar algunas pinturas no religiosas que representan los puntos cardinales personificados en cuatro mujeres, y los signos del zodíaco. Estas obras están cargadas de simbología y mitología clásica.

En la sacristía se conserva una antiquísima tabla gótica, datada entre los siglos XIII y XIV, o tal vez de los primeros años del siglo XV.

La tabla gótica representa la leyenda entrañable de las diferentes apariciones de La Virgen María a la princesa Erminda, y a su padre, el rey moro Jayón. Una leyenda que la gente de esta comarca siempre tomó como cierta.

Esta valiosa tabla gótica está considerada como el objeto más antiguo que alberga la ermita entre sus muros.

A la Ermita de La Virgen del Ara se le denomina “La capilla sixtina de Extremadura” y es considera Bien de interés cultural desde el año 2018.

En cuanto al entorno natural de la Ermita de La Virgen del Ara, el santuario está rodeado principalmente por campos de olivos y vegetación mediterránea, característica de la comarca de Campiña.

En las inmediaciones nace la Ribera del Ara, vinculada al manantial conocido como Madre del Agua que, según los estudios arqueológicos, pudo ser un lugar de culto a la naturaleza en tiempos pre- cristianos.

A unos 6 Km aproximadamente se encuentra el Monumento Natural de La Mina La Joyona, una antigua explotación minera romana convertida en un espacio natural y geológico de gran singularidad y belleza.